乐土医学检验合作探索靶向基因测序突变图谱研
近日，乐土医学检验与南昌大学和安徽医科大学附属医院专家共同合作，在BMC旗下期刊Human Genomics发表学术论文“Targeted exome sequencing identifies mutational landscape in a cohort of 1500 Chinese patients with non-small cell lung carcinoma (NSCLC)”，合作探索NSCLC靶向基因测序突变图谱研究，乐土医学作为并列通讯深度参与。
关于非小细胞肺癌（NSCLC）
非小细胞肺癌（NSCLC）是人类最常见的肿瘤之一，约占所有肺癌的80–85％。据估计，全世界每年非小细胞肺癌的新发病例约为200万。在最近十年中，由于大量靶向治疗方法被批准用于临床，NSCLC的治疗取得了突破性进展。患者的流行病学，遗传易感性和分子谱很可能在这些靶向治疗的缓解率和生存获益方面起重要作用，因此有必要对非小细胞肺癌的基因差异进行深入临床研究。
NSCLC的NCCN指南建议在常规治疗前检测EGFR、ERBB2突变，或者ALK、ROS1、RET融合。而且有研究报道这些突变的分布呈现出一定的种族依赖性，约10%的白种人和高达50%的亚洲人具有EGFR的药物敏感性变异。NGS的出现改变了基因组变异的鉴定过程和系统特性，而且前期肿瘤的基因分析现在被广泛认为是指导NSCLC患者治疗决策的重要步骤。所以乐土医学检验联合安徽医科大学第一附院等专家探索靶向基因测序突变图谱研究，助力临床NSCLC精准诊疗。
研究方法
研究共选取1500例NSCLC患者样本，其中1000组织标本和500例血液样本，对65个关键基因（ABL1, AKT1, ALK, APC, AR, ATM, BRAF, CCND1, CDK4, CDK6, CDKN1A, CDKN2A, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, GNA11, GNAQ, GNAS, HRAS, IDH1, IDH2, JAK1, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MEK1, MET, MTOR, NF1, NF2, NRAS, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, POLE, PTCH1, PTEN, RB1, RET, ROS1, SATA3, SMAD4, SMARCA4, SMO, STK11, TERT, TP53, TSC1, TSC2和VHL）进行分析，探索NSCLC突变基因在中国人中的突变情况。
研究结果? ? ? ?
●?NSCLC患者1000例组织和500例血液样本的基因组突变情况(1) 96.8%的组织样本和77.4%的血液样本存在至少一种突变形式（图1），与113例（22.6%）的血液样本相比，只有32例（3.2%）组织样本在65基因的区域内未检测到突变。
(2) 组织样本中，单碱基突变样本共113例（11.3%），多碱基突变样本555例（55.5%），单独扩增或与其他突变联合扩增样本221例（22.1%）；血液样本中，单碱基突变样本127例（25.4%），多碱基突变样本224例（44.8%），扩增或融合样本36例（7.2%）。
图1：基因突变（单碱基突变、插入或缺失）在NSCLC患者1000例组织和500例血液样本中的分布●?NSCLC中突变频率较高基因的突变形式
(1) 研究发现了许多既往在NSCLC中报道过的基因，包括肿瘤抑制基因TP53、CDKN2A，致癌基因EGFR、KRAS等。
(2) 研究发现在非小细胞肺癌患者的血液和组织样本中都观察到高度累积的TP53和EGFR突变（图2a, b），大于25%的组织样本中同时发生TP53突变和EGFR突变。组织中EGFR突变率（~55%）显著高于血液（~35%）。
(3) 研究还发现了其他几个显著突变的基因，如PTCH1、PIK3CA以及其他检测频率较低但此前已鉴定的基因，如肿瘤抑制基因（APC）、酪氨酸激酶基因（ERBB2、FGFR和NTRK基因）等（图2a, b）。
(4) 该研究还评估了组织和血液样本中非同义移码插入和缺失、错义突变、Stop-gain和其他不常见的改变（如剪接）的分布（图2c-f）。除了识别以前已知的与NSCLC相关的基因，如TP53、KRAS、EGFR和CDKN2A外，既往研究认为与黑色素瘤相关的GNAQ基因，亦有研究报道与肺癌有关(图2c-f）。目前已鉴定的GNAQ突变包括p.R60G、p.P174R、p.A93D、p.M59L、p.Q81H。
图2：NSCLC中显著突变的基因●?NSCLC中反复发生的SNV突变
通过分析NSCLC中突变频率最高的基因（TP53、EGFR、KRAS、CDKN2A、PTCH1和PIK3CA）中SNV突变的位置分布和复发性（图3），发现：
(1) TP53的第157号密码子发生突变的样本有8个，第158号密码子发生突变的样本有6个，第179号密码子发生突变的样本有11个，第248号密码子发生突变的样本有27个。
(2)EGFR三种突变（p.L858R、外显子19del、p.T790M），p.L858R在血液标本中突变率为42.4%，在组织标本中突变率为44.4%；血液样本中外显子19del突变率为38.5.4%，组织样本中外显子19del突变率为34.2%。有趣的是，在组织和血液样本中p.T790M突变的百分比有显著差异，p.T790M在组织和血液标本中突变的百分比分别为24.8%和2.4%。